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So trägt die DNA bestimmte Nukleotid-Sequenzen, die zum Erkennen von Startpunkten beim Transskriptionsprozess bzw. während des DNA-Verdoppelungsprozesses während der Zellteilung benötigt werden.
Untersuchungen an Crytomonaden (einzelligen, Photosynthese betreibenden Eukaryonten) haben gezeigt, dass die Menge an so genannter nichtkodierenden DNA proportional zur Größe des Zellkerns ist und vermutlich eine wesentliche Rolle für die Strukturierung des Zellkerns hat.
Die Untersuchung so genannter TIREs (transposable and interspersed repetitive elements) bei verschiedenen Insekten-Arten ergab ein in hohem Grad nicht zufälliges Muster, so dass auch hier eine - noch unbekannte - Funktion postuliert wird.
Im MHC-Komplex (Haupthistokompatibilitätskomplex) von Säugetieren wurden sich wiederholende (repetitive) Folgen von GT und GA in der DNA festgestellt, die eindeutig nicht für Eiweiße kodieren können. Gleichwohl sind sie funktional, denn sie binden Zellkern-Proteine und sind vermutlich über die DNA-Protein-Interaktion an der Genregulation beteiligt.
In der menschlichen DNA werden zur Zeit ca. 95 % der Nukleotide als nichtkodierende DNA betrachtet, das heißt, maximal 5 % der Nukleotide, aus denen die DNA besteht, codieren Erbinformation für Proteine.
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